Theo đó, đối với các khoản phụ thu của hãng tàu nước ngoài, nếu là khoản phụ thu kèm theo giá cước vận chuyển thì khi tính thuế nhà thầu được miễn tính phần thuế GTGT. Riêng phần thuế TNDN phải nộp 2% doanh thu nếu chiều vận chuyển từ Việt Nam ra nước ngoài (vận chuyển hàng xuất khẩu theo điều kiện CIF); ngược lại, được miễn thuế TNDN nếu chiều vận chuyển từ nước ngoài đến Việt Nam (vận chuyển hàng nhập khẩu theo điều kiện FOB)

Đối với các khoản phụ thu khác ngoài giá cước, nếu hãng tàu nước ngoài được hưởng từ dịch vụ thực hiện ngoài Việt Nam thì được miễn tính thuế nhà thầu. Tuy nhiên, nếu được hưởng từ dịch vụ thực hiện tại Việt Nam thì phải chịu thuế nhà thầu, gồm 5% thuế GTGT và 5% thuế TNDN

Trường hợp hãng tàu nước ngoài có để lại cho đại lý tại Việt Nam hưởng một số khoản phụ thu khác ngoài giá cước thì các khoản để lại này được miễn tính thuế nhà thầu. Đại lý Việt Nam chịu trách nhiệm kê khai nộp thuế GTGT, thuế TNDN như trực tiếp cung cấp dịch vụ

Đối với giá cước và khoản phụ thu của hãng tàu Việt Nam, nếu thuộc hoạt động vận tải quốc tế thì được áp dụng thuế suất GTGT 0%; ngược lại phải tính nộp thuế GTGT với thuế suất 10%. Về thuế TNDN phải tính nộp trên toàn bộ thu nhập, kể cả khoản phụ thu