Hiệp định giữa Việt Nam và Nhật Bản về Đối tác kinh tế (VJEPA) đã được ký kết ngày 25 tháng 12 năm 2008 tại Tokyo, Nhật Bản và được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt thực hiện tại Quyết định số 57/2009/QĐ-TTg ngày 16/4/2009, có hiệu lực kể từ ngày 01 tháng 10 năm 2009.
Để thực hiện cam kết của Việt Nam về thuế nhập khẩu trong Hiệp định VJEPA, Bộ Tài chính đã ban hành các Thông tư gồm: Thông tư số 21/2012/TT-BTC ngày 15/2/2012 của Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt của Việt Nam để thực hiện Hiệp định VJEPA giai đoạn 2012-2015 và Thông tư số 25/2015/TT-BTC ngày 14/2/2015 của Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt của Việt Nam để thực hiện Hiệp định VJEPA giai đoạn 2015-2019, có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2015.
Nghị định số 125/2016/NĐ-CP của Chính phủ về việc ban hành Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt của Việt Nam để thực hiện Hiệp định của Việt Nam và Nhật Bản về Đối tác kinh tế giai đoạn 2016-2019 bãi bỏ Thông tư 25/2015/TT-BTC.
Các nội dung trong Biểu thuế ban hành kèm theo Nghị định 125/2016/NĐ-CP như mã hàng, tên gọi và mô tả hàng hóa, mức thuế suất cụ thể cho từng mặt hàng, thời gian áp dụng về cơ bản được giữ nguyên theo Thông tư số 25/2015/TT-BTC đã ban hành của Bộ Tài chính. Về tổng thể, Biểu thuế gồm 9.487 dòng thuế trong đó gồm 9.459 dòng thuế theo cấp độ 8 số và 28 dòng thuế được chi tiết theo cấp độ 10 số. Lộ trình cắt giảm thuế quan trong Biểu thuế ban hành được áp dụng cho 3 giai đoạn: (i) Từ 01/9/2016 đến 31/3/2017; (ii) Từ 01/4/2017 đến 31/3/2018; (iii) Từ 01/4/2018 đến 31/3/2019.
Theo MOF